Kuigatsi mõisamaad kuulusid algselt Tartu piiskopkonna alla. 1366 müüs Henneke von Walmes oma isale kuulunud pärusmõisa (Erbgut), mis talle venna Hinkega pärandi jagamise järgselt jäi, koos veski, tiikide ja paistammidega 1400 marga eest Johann von Ungernile. 15. saj Ungernite suguvõsale kuulunud mõis oli 1466 a-st Tartu toomkapiitli käes rendil.

1509 läks mõis Hans Ungerni lese teistkordsel abiellumisel Claus Dumpianile, siitpeale kannab mõis nime Dumpianshof. Pärandivaidluste tulemusel läks mõis koos veski ja 5 külaga (Koywenkatz, Hollikatz, Alluth, Kodierwe, Hennikus) 1522 Ungernitele tagasi, 1526 sai C. Dumpian need taas oma valdusse. Peale Liivi sõda mõisavaldused restitueeriti. 1602 pärandas viimane omanik Wolmar Dumpian tagastatud mõisa õepojale Hans (Johan) Dückerile. Poola võimu ajal kuulus mõis poola aadliperekond Malissowsky´le, 1627 said Dückerid rüüstatud ja tunduvalt vähenenud rahvaarvuga mõisa tagasi ning nende valdusse jäi see kuni 18. saj lõpuveerandini, mil Gustav Adolf von Dücker mõisa oma esimesest abielust sündinud tütrele Hedwig Jacobine von Loewensternile pärandas.

1776 ostis mõisa õuekohtu assessor, hilisem Saksi- Weimari salanõunik Paul Ludwig Johann von Loewenstern. Siitpeale kannab mõis Löwenhofi nime. Kuigatsi mõis koos naabruses paiknevate Pringi (Brinkenhof), Soontaga (Sontack) ja Vaalu (Wahlenhof) mõisatega läks pärandina 1841 tema lese ja laste ühisomandisse ning pärandi jagamisel järgmisest aastast vanema poja titulaarnõunik Paul von Loewensterni valdusesse. Vennapojale Paul von Loewensternile 1856 pärandatud mõisavaldused läksid viimase tütre abielu kaudu Alatskivi mõisnike von Nolckenite suguvõsa kätte. Kuigatsi mõis jäi siitpeale valitsejate hoole alla.

1919 võõrandati Kuigatsi mõis EV maaseaduse alusel viimaselt omanikult Josephine von Nolckenilt (sünd. von Loewenstern).  Mõisamaad jagati asundustaludeks, mõisa peahoonesse asus Kuigatsi kool, 1975-2001 Kuigatsi Eriinternaatkool, praegu eravaldus.

Tänane päev Kuigatsi mõisas